(1) Evropsky významné lokality zařazené do evropského seznamu vyhlásí ve lhůtě 90 dnů od účinnosti příslušného rozhodnutí Komise vláda nařízením, ve kterém u každé evropsky významné lokality uvede její název, zeměpisnou polohu a rozlohu. Způsob označení vyhlášených evropsky významných lokalit v terénu a mapových podkladech stanoví Ministerstvo životního prostředí vyhláškou.

(2) Evropsky významné lokality vyhlášené podle odstavce 1 jsou chráněny před poškozováním a ničením. Využívají se pouze tak, aby nedošlo k závažnému nebo nevratnému poškození nebo ke zničení evropských stanovišť anebo stanovišť evropsky významných druhů vyžadujících územní ochranu tvořících jejich předmět ochrany a aby nebyla narušena jejich celistvost. K zásahům, které by mohly vést k takovým nežádoucím důsledkům, si musí ten, kdo tyto zásahy zamýšlí, předem opatřit souhlas orgánu ochrany přírody. Tento odstavec se na území evropsky významné lokality vyhlášené podle odstavce 1 vztahuje jen tehdy, neplatí-li pro ně ochrana podle části třetí tohoto zákona. Ochrana podle částí druhé a páté tohoto zákona a ustanovení § 45h a 45i nejsou dotčeny.

(3) Pro zachování nebo zlepšení dochovaného stavu předmětů ochrany v evropsky významných lokalitách zajišťuje Ministerstvo životního prostředí zpracování souhrnů doporučených opatření pro evropsky významné lokality. Souhrny doporučených opatření pro evropsky významné lokality a ptačí oblasti předává Ministerstvo životního prostředí do Ústředního seznamu ochrany přírody a zveřejňuje je na portálu veřejné správy.

(4) K zajištění udržení příznivého stavu evropských stanovišť nebo stanovišť evropsky významných druhů, které jsou předmětem ochrany evropsky významných lokalit, lze území evropsky významných lokalit nebo jejich části vyhlásit za zvláště chráněná území nebo zde zřídit smluvně chráněná území podle § 39. Vyžaduje-li udržení příznivého stavu předmětu ochrany evropsky významné lokality přísnější ochranu než podle odstavce 2, stanoví vláda nařízením u této evropsky významné lokality nebo její části kategorie zvláště chráněných území, ve kterých je příslušné orgány ochrany přírody vyhlásí, nebude-li tato ochrana zajištěna smluvně. Takto vláda postupuje v případě, že tato evropsky významná lokalita není dosud vyhlášena za zvláště chráněné území a její ochrana není zajištěna ani smluvně podle § 39.

(5) Orgány ochrany přírody do 30 dnů ode dne vyhlášení nařízení vlády podle odstavce 1 ve Sbírce zákonů upozorní formou veřejné vyhlášky podle § 25 správního řádu vlastníky pozemků v evropsky významných lokalitách nebo jejich částech, jejichž ochranu je podle nařízení vlády podle § 45a odst. 2 třeba zajistit vyhlášením zvláště chráněného území, že jejich ochrana na dotčeném pozemku v případě, že to § 39 připouští, může být zajištěna smluvně. Pokud vlastník pozemku ve lhůtě 60 dnů ode dne doručení upozornění neučiní žádný písemný úkon směřující k uzavření smlouvy, nebo na základě tohoto úkonu nedojde ve lhůtě dvou let k uzavření smlouvy podle § 39, bude evropsky významná lokalita vyhlášena jako zvláště chráněné území v kategorii ochrany stanovené národním seznamem, a to postupem stanoveným tímto zákonem pro vyhlášení zvláště chráněného území příslušné kategorie. Vyhlášení zvláště chráněných území podle odstavce 4 provedou příslušné orgány ochrany přírody nejpozději do 6 let od přijetí lokality do evropského seznamu.