a) vydávají závazná stanoviska k zásahům, které by mohly vést k poškození nebo zničení významného krajinného prvku nebo ohrožení či oslabení jeho ekologicko-stabilizační funkce, pokud se nejedná o registrovaný významný krajinný prvek podle § 6 odst. 1 a pokud se zároveň nejedná o území evropsky významné lokality,

b) vydávají závazná stanoviska k odlesňování a zalesňování pozemků nad 0,5 ha a k výstavbě lesních cest a lesních melioračních systémů podle § 4 odst. 3,

c) vydávají opatření obecné povahy, pokud jde o blíže neurčený okruh osob, nebo rozhodují o omezení nebo zákazu rušivé činnosti podle § 5 odst. 1, pokud se nejedná o zvláště chráněné druhy,

d) rozhodují o zajištění či použití prostředků k zabránění nadměrnému úhynu rostlin a zraňování nebo úhynu živočichů nebo ničení jejich biotopů podle § 5 odst. 3, pokud se nejedná o zvláště chráněné druhy,

e) vydávají povolení k rozšiřování geograficky nepůvodních druhů rostlin a živočichů a k rozšiřování kříženců do krajiny podle § 5 odst. 4 a 5,

f) rozhodují o stanovení odchylného postupu při ochraně ptáků podle § 5b odst. 1,

g) ukládají provedení nezbytných zásahů včetně pokácení dřevin podle § 7 odst. 2,

h) přijímají oznámení o kácení dřevin a rozhodují o pozastavení, omezení nebo zákazu kácení dřevin podle § 8 odst. 2 a 4,

i) požadují údaje o paleontologických nálezech a žádají o umožnění přístupu k paleontologickým nálezům podle § 11,

j) vydávají souhlasy k umisťování a povolování staveb a k jiným činnostem, které by mohly snížit nebo změnit krajinný ráz podle § 12 odst. 2,

k) rozhodují o vyhlášení přechodně chráněné plochy podle § 13 odst. 1,

l) mohou vyzvat k prokázání zákonného původu zvláště chráněných rostlin, zvláště chráněných živočichů, ptáků nebo rostlin či živočichů chráněných podle mezinárodních úmluv podle § 54 odst. 1 a vyzvat k prokázání totožnosti podle § 54 odst. 2,

m) v případě ptáků chráněných podle § 5a vydávají osvědčení podle § 54 odst. 4 až 11 o tom, že se jedná o živočicha odchovaného v lidské péči, vedou evidenci vydaných osvědčení podle § 54 odst. 4 až 10, ověřují původ a vydávají rozhodnutí, kterým se stanoví výše nákladů v případě potvrzení nezákonného původu živočicha odchovaného v lidské péči podle § 54 odst. 10,

n) v rozsahu své působnosti ukládají podmínky pro výkon činností, které by mohly způsobit nedovolenou změnu obecně nebo zvláště chráněných částí přírody nebo takové činnosti zakazují podle § 66,

o) vykonávají státní dozor v ochraně přírody a krajiny podle § 85 odst. 1,

p) rozhodují o možnostech a podmínkách uvedení do původního stavu podle § 86 odst. 1, ukládají provedení přiměřených náhradních opatření podle § 86 odst. 2 a ukládají pokuty za přestupky podle § 87 a za správní delikty podle § 88,

q) uplatňují stanoviska k územním plánům a regulačním plánům z hlediska své přenesené působnosti a dále z hlediska přenesené působnosti obecních úřadů a pověřených obecních úřadů.