a) vydávají závazná stanoviska ke schválení lesních hospodářských plánů a k lesním hospodářským osnovám podle § 4 odst. 3,

b) povolují výjimky ze zákazů stanovených v § 10 odst. 2 pro jeskyně, vydávají povolení pro průzkum nebo výzkum jeskyní podle § 10 odst. 3, přijímají oznámení o zjištění jeskyní, přebírají dokumentaci jeskyní a vedou evidenci převzaté dokumentace jeskyní podle § 10 odst. 5,

c) rozhodují o omezení výkonu práva myslivosti a rybářství v přírodních rezervacích podle § 34 odst. 2,

d) vydávají souhlasy k činnostem a zásahům vázaným na předchozí souhlas orgánu ochrany přírody v ochranných pásmech přírodních rezervací a přírodních památek podle § 37 odst. 1 a k činnostem podle § 37 odst. 2,

e) zajišťují zpracování plánů péče a schvalují plány péče o přírodní rezervace, přírodní památky a ochranná pásma těchto zvláště chráněných území a zajišťují jejich realizaci podle § 38,

f) sjednávají a zrušují smluvní ochranu podle § 39 a § 45 odst. 2 a předávají dokumentaci o těchto územích do ústředního seznamu a na základě uzavřených smluv podle § 39 odst. 1 zveřejňují ve Věstníku právních předpisů kraje území, která jsou smluvně chráněná,

g) zajišťují zpracování, oznamují a projednávají záměry na vyhlášení a návrhy právních předpisů, kterými se vyhlašují přírodní rezervace, přírodní památky a ochranná pásma těchto zvláště chráněných území,

h) povolují výjimky ze zákazů v přírodních rezervacích a přírodních památkách podle § 43,

i) předávají dokumentaci vyhlášených přírodních rezervací, přírodních památek a jejich ochranných pásem do ústředního seznamu; oznamují vyhlášení přírodních rezervací, přírodních památek nebo jejich ochranných pásem katastrálním úřadům,

j) vydávají souhlasy k činnostem a zásahům vymezeným v bližších ochranných podmínkách přírodních rezervací a přírodních památek podle § 44 odst. 3,

k) povolují výjimky ze zákazu poškozovat evropsky významné lokality a sporné lokality podle § 45b odst. 1,

l) zajišťují péči o evropsky významné lokality, označují evropsky významné lokality, vydávají závazná stanoviska k zásahům, které by mohly vést k poškození nebo narušení obnovy evropsky významných lokalit nebo jejich předmětů ochrany podle § 45c odst. 2, a na jejich území vydávají i stanoviska podle § 4 odstavce 2,

m) vydávají souhlasy k činnostem v ptačích oblastech podle § 45e odst. 2, uzavírají smlouvy o způsobu hospodaření v ptačích oblastech podle § 45e odst. 4 a zajišťují péči o ptačí oblasti,

n) vydávají stanoviska ke koncepcím nebo k záměrům podle § 45i odst. 1, ukládají kompenzační opatření a informují o uložených kompenzačních opatřeních Ministerstvo životního prostředí,

o) povolují výjimky ze zákazů u zvláště chráněných nerostů podle § 51 odst. 2,

p) přijímají oznámení o vypuštění vyléčených zvláště chráněných živočichů ze záchranné stanice podle § 52 odst. 2,

q) mohou požadovat prokázání zákonného původu zvláště chráněných rostlin, zvláště chráněných živočichů, ptáků nebo rostlin či živočichů chráněných podle mezinárodních úmluv podle § 54 odst. 1 a mohou požadovat prokázání totožnosti podle § 54 odst. 2,

r) vydávají opatření obecné povahy k omezení nebo zákazu vstupu podle § 64,

s) v rozsahu své působnosti ukládají podmínky pro výkon činností, které by mohly způsobit nedovolenou změnu obecně nebo zvláště chráněných částí přírody nebo takové činnosti zakazují podle § 66,

t) ustanovují stráž přírody ve svém územním obvodu podle § 81 odst. 1,

u) vykonávají státní dozor v ochraně přírody a krajiny podle § 85 odst. 1,

v) rozhodují o možnostech a podmínkách uvedení do původního stavu a ukládají provedení náhradních opatření k nápravě podle § 86 odst. 1 a 2,

w) spolupracují s ostatními správními úřady a orgány na zajišťování ekologické výchovy a vzdělávání,

x) uplatňují stanoviska k zásadám územního rozvoje a k územním plánům obcí s rozšířenou působností z hlediska zájmů chráněných tímto zákonem a dále k ostatním územním plánům a regulačním plánům z hlediska zájmů chráněných tímto zákonem, není-li příslušný jiný orgán ochrany přírody.

a) vydávají opatření obecné povahy, pokud jde o blíže neurčený okruh osob, nebo rozhodují o omezení nebo zákazu rušivé činnosti podle § 5 odst. 1, pokud se jedná o zvláště chráněné druhy,

b) ukládají rozhodnutím zajištění či použití prostředků k zabránění nadměrnému úhynu rostlin a zraňování nebo úhynu živočichů nebo ničení jejich biotopů podle § 5 odst. 3, pokud se jedná o zvláště chráněné druhy,

c) uzavírají dohody podle § 49 odst. 4,

d) vydávají předchozí stanoviska k nezbytným zásahům do přirozeného vývoje ohrožených druhů živočichů podle § 50 odst. 3,

e) spolupracují s Ministerstvem životního prostředí při přípravě záchranných programů zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů podle § 52,

f) vydávají souhlasy k vypouštění zvláště chráněných živočichů odchovaných v lidské péči do přírody a k vysévání či vysazování uměle vypěstovaných zvláště chráněných rostlin do přírody podle § 54 odst. 3,

g) s výjimkou ptáků chráněných podle § 5a vydávají osvědčení o tom, že se jedná o živočicha odchovaného v lidské péči, vedou evidenci vydaných osvědčení podle § 54 odst. 4 až 10, ověřují původ a vydávají rozhodnutí, kterým se stanoví výše nákladů v případě potvrzení nezákonného původu živočicha odchovaného v lidské péči podle § 54 odst. 10,

h) povolují rozhodnutím nebo opatřením obecné povahy, pokud jde o blíže neurčený okruh osob, výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a zvláště chráněných druhů živočichů podle § 56,

i) uzavírají dohody podle § 56 odst. 5,

j) vydávají předchozí souhlasy k činnostem stanoveným v bližších ochranných podmínkách zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů podle § 57,

k) odebírají nedovoleně držené jedince zvláště chráněných rostlin, nebo zvláště chráněných živočichů, ptáků, nebo rostlin či živočichů chráněných podle mezinárodních úmluv podle § 89.