a) zpracovává ve spolupráci s kraji prognózy a koncepce strategie ochrany přírody v České republice,

b) koordinuje státní vědeckovýzkumnou činnost v oboru ochrany přírody a krajiny,

c) spolupracuje s Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy České republiky v zajišťování ekologické výchovy a vzdělávání,

d) zabezpečuje mezinárodní spolupráci České republiky v oboru ochrany přírody a krajiny,

e) podává Komisi zprávy a informace požadované právními předpisy Evropských společenství v oblasti ochrany volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin a jejich stanovišť,

f) vykonává vrchní státní dozor v ochraně přírody a krajiny,

g) řídí činnost České inspekce životního prostředí, Agentury a správ národních parků a plní jiné úkoly stanovené tímto zákonem.

a) provádí vymezení a hodnocení nadregionálního systému ekologické stability podle § 4 odst. 1,

b) vydává povolení k vývozu a dovozu ohrožených rostlin a živočichů chráněných mezinárodními úmluvami podle § 5 odst. 7,

c) rozhoduje o povolení k provozování záchranné stanice a jeho změně nebo zrušení, vede přehled záchranných stanic a zveřejňuje jej způsobem umožňujícím dálkový přístup podle § 5 odst. 8 až 11,

d) vydává souhlasy s použitím ustanovení o zásazích proti škůdcům a o případech mimořádných okolností a nepředvídaných škod a stanoví přitom rozsah jejich použití v národních parcích a v národních přírodních rezervacích,

e) zajišťuje zpracování a oznamuje a projednává záměry na vyhlášení a návrhy právních předpisů, kterými se vyhlašují národní parky, chráněné krajinné oblasti, národní přírodní rezervace, národní přírodní památky nebo ochranná pásma těchto zvláště chráněných území,

f) vydává souhlasy k vývozu paleontologických nálezů podle § 11 odst. 3 a vydává povolení k vývozu zvláště chráněných nerostů podle § 53,

g) vydává souhlasy ke zcizení nezastavěných pozemků ve vlastnictví státu na území přírodních rezervací a přírodních památek,

h) zajišťuje zpracování a schvaluje plány péče o národní parky, národní přírodní rezervace, národní přírodní památky, chráněné krajinné oblasti a o ochranná pásma těchto zvláště chráněných území a zajišťuje jejich realizaci ve spolupráci s Agenturou a se správami národních parků podle § 38,

i) předává dokumentaci vyhlášených národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území a dále ptačích oblastí a evropsky významných lokalit do ústředního seznamu; oznamuje vyhlášení národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území katastrálním úřadům,

j) oznamuje lokality, které nebyly zařazeny do evropského seznamu podle § 45a odst. 4 a vyhlašuje sporné lokality podle § 45b odst. 2,

k) zajišťuje zpracování souhrnů doporučených opatření pro evropsky významné lokality a ptačí oblasti podle § 45c odst. 3, § 45e odst. 6, předává je do ústředního seznamu a zveřejňuje je prostřednictvím internetu,

l) podává žádosti o stanovisko Komisi podle § 45i odst. 10,

m) ve spolupráci s ostatními orgány ochrany přírody, vlastníky a nájemci pozemků, občanskými sdruženími a dalšími odbornými subjekty zajišťuje a schvaluje záchranné programy podle § 52,

n) uplatňuje předkupní právo státu k pozemkům podle § 61 odst. 1,

o) vydává osvědčení o zvláštní odborné způsobilosti podle § 79a odst. 2 písm. b),

p) je odvolacím orgánem proti rozhodnutím vydaným orgány krajů v přenesené působnosti, Agenturou, správami národních parků a Českou inspekcí životního prostředí,

q) uplatňuje stanoviska k politice územního rozvoje a k zásadám územního rozvoje z hlediska zájmů chráněných tímto zákonem,

r) zřizuje správy národních parků jako státní příspěvkové organizace, pokud nebyly zřízeny jiným zákonem,

s) je oprávněno zřídit státní příspěvkovou organizaci za účelem zajištění ochrany, péče a provozu veřejnosti zpřístupněných jeskyní,

t) vykonává působnost orgánů ochrany přírody na pozemcích a stavbách, které tvoří součást objektů důležitých pro obranu státu mimo vojenské újezdy; jsou-li tyto pozemky a stavby na území správních obvodů správ, vykonávají působnost orgánů ochrany přírody správy.

a) stanoví seznam typů evropských stanovišť, prioritních typů evropských stanovišť, evropsky významných druhů a prioritních evropsky významných druhů, vyskytujících se na území České republiky,

b) stanoví podrobnosti vymezení a hodnocení systému ekologické stability a podrobnosti plánů, projektů a opatření v procesu jeho vytváření podle § 4 odst. 1,

c) stanoví podrobnosti ochrany významných krajinných prvků podle § 4 odst. 2,

d) stanoví velikost, popřípadě jiné charakteristiky dřevin, k jejichž kácení není třeba povolení podle § 8 odst. 3, jestliže rostou na pozemcích ve vlastnictví fyzických osob, které tyto pozemky užívají, a podrobnosti ochrany dřevin a podmínek povolování jejich kácení podle § 8 odst. 5,

e) stanoví podrobnosti o obsahu a rozsahu dokumentace jeskyně při jejím zjištění provozovatelem při dobývání nerostných surovin nebo při provádění geologických prací podle § 10 odst. 5,

f) vymezují zóny ochrany přírody národních parků a chráněných krajinných oblastí podle § 17 odst. 2 a § 27 odst. 2,

g) stanoví výše poplatku podle § 24 odst. 1 a 2, okruh osob osvobozených od poplatku, vzor potvrzení o zaplacení poplatku nebo potvrzení o osvobození od poplatku a určení vybraných míst na území národního parku, na která se povinnost platit poplatek za vstup vztahuje podle § 24 odst. 3,

h) vyhlašují národní přírodní rezervace, národní přírodní památky nebo ochranná pásma těchto zvláště chráněných území a stanoví bližší podmínky jejich ochrany a dále vyhlašují nebo zrušují přírodní památky a přírodní rezervace nebo jejich ochranná pásma na území národních parků a jejich ochranných pásem a stanoví bližší podmínky jejich ochrany,

i) stanoví obsah plánů péče a postup jejich zpracování podle § 38 odst. 7, náležitosti a obsah záměru podle § 40 odst. 1, podrobnosti o vedení ústředního seznamu a určuje organizační složka státu pověřená vedením ústředního seznamu podle § 42 odst. 2, podrobnosti o způsobu označení a vymezení zvláště chráněných území v terénu i mapových podkladech podle § 42 odst. 5 a bližší podmínky o způsobu označení památných stromů v terénu i mapových podkladech podle § 47 odst. 3,

j) stanoví náležitosti obsahu smlouvy podle § 39 odst. 1, způsob označení smluvně chráněného území a smluvně chráněného území památného stromu v terénu i mapových podkladech podle § 39 odst. 2,

k) stanoví způsob označení vyhlášených evropsky významných lokalit v terénu i mapových podkladech podle § 45c odst. 1, obsah a náležitosti souhrnů doporučených opatření pro evropsky významné lokality a ptačí oblasti podle § 45c odst. 3 a způsob označení ptačích oblastí v terénu i mapových podkladech podle § 45e odst. 7,

l) stanoví rozsah požadovaného vzdělání, obsah zkoušky, podmínky prodloužení autorizace a důvody pro odnětí autorizace podle § 45i odst. 3,

m) stanoví seznam a stupeň ohrožení zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů podle § 48, seznam zvláště chráněných nerostů podle § 51 a míst jejich přirozeného výskytu a dále bližší podmínky jejich ochrany,

n) stanoví způsoby ověřování původu, náležitosti žádosti o osvědčení a vzor osvědčení podle § 54 odst. 11,

o) stanoví podmínky poskytování finanční náhrady podle § 58 odst. 4, vzor uplatnění nároku, jeho náležitosti a způsob určení výše náhrady v případech, kdy není stanoven jiným předpisem,

p) stanoví podrobnosti postupu při převodech práva hospodaření podle § 60 odst. 3 zákona,

q) stanoví podrobnosti o přírodovědném průzkumu dotčených pozemků a biologickém hodnocení a jejich ukládání podle § 67 odst. 1,

r) stanoví bližší podrobnosti o podmínkách poskytování příspěvku podle § 69 odst. 3 a náležitosti dohody o jeho poskytování,

s) zajišťují podle § 74 odst. 1 úkoly vyplývající z mezinárodních závazků,

t) stanoví podle § 81 odst. 9 podrobnosti o organizaci, úkolech a předpokladech pro výkon stráže přírody, vzor služebního odznaku se státním znakem a průkazu stráže přírody,

u) stanoví podrobnosti o způsobu zavedení a užívání stejnokroje a označení pracovníků ochrany přírody podle § 82 odst. 2,

v) stanoví převod zvláště chráněných území zřízených podle zákona č. 40/1956 Sb. do kategorií podle § 90 odst. 5 až 7,

w) zrušuje podle § 90 odst. 10 dosavadní ochrana zvláště chráněných území vyhlášených podle tohoto zákona do dne 1. března 2009 ústředními orgány státní správy.