Pokutu uloženou inspekcí, Agenturou nebo správou národního parku podle § 87 nebo § 88 anebo újezdním úřadem vybírají tyto úřady. V ostatních případech pokutu vybírá a vymáhá orgán ochrany přírody, který ji uložil. Výnosy pokut uložených obecním úřadem obce s rozšířenou působností jsou příjmem rozpočtu obce a výnosy pokut uložených krajským úřadem jsou příjmem rozpočtu kraje. Výnosy pokut uložených Agenturou, správou národního parku a inspekcí se dělí způsobem upraveným zvláštním zákonem, s výjimkou území vojenských újezdů, kde je výnos pokut příjmem státního rozpočtu. Výnosy z pokut může obec užít jen pro zlepšení životního prostředí a pro ochranu přírody a krajiny v obci.