1. Právnické osoby uvedou svůj název do souladu s tímto zákonem nejpozději k 31. prosinci 2007.

2. Právní úkony učiněné před účinností tohoto zákona podle dosavadního zákona o vysokých školách orgánem veřejné vysoké školy nebo orgánem součásti veřejné vysoké školy zůstávají tímto zákonem nedotčeny.

3. Vyměření poplatku spojeného se studiem podle dosavadního zákona o vysokých školách provedené vysokou školou před účinností tohoto zákona zůstává tímto zákonem nedotčeno.

4. Pro studijní programy, které jsou platné ke dni účinnosti tohoto zákona, jejichž platnost byla udělena na maximální dobu platnosti přípustnou v době udílení akreditace a u nichž byla akreditace udělena bez dalších omezujících podmínek, ministerstvo prodlouží akreditaci na dobu stanovenou tímto zákonem, pokud o to vysoká škola písemně požádá ve lhůtě do dvou měsíců od nabytí účinnosti tohoto zákona.

5. Akreditace habilitačního řízení nebo řízení ke jmenování profesorem v daném oboru zůstávají tímto zákonem nedotčeny s výjimkou akreditací, u kterých nebyla stanovena doba akreditace; akreditace u těchto oborů zaniká dnem 31. prosince 2015.

6. Osoba, která počala vykonávat funkci rektora nebo děkana na základě jmenování přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se považuje za osobu, která vykonávala nebo vykonává tuto funkci na základě jmenování podle nové právní úpravy. Délka funkčního období, na něž došlo ke jmenování přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se však posuzuje podle dosavadní právní úpravy.